北交所收费规则以交易经手费、券商佣金、印花税、过户费为核心，搭配上市相关费用与优惠政策，整体费率透明且部分可协商，投资者交易成本主要由固定规费与浮动佣金构成。
交易环节中，交易经手费是北交所直接收取的核心费用，普通股按成交金额0.125‰双边收取，可转换公司债券按此标准减半收取，股份协议转让则按0.5‰双边收取且单向每笔最高10万元。印花税为国家统一征收，仅在卖出时单边收取，税率为成交金额的0.5‰，无任何议价空间。过户费由中国结算收取，买卖双向计费，费率为成交金额的0.01‰，费用极低，10万元交易仅产生1元成本。这三项固定费用全国统一，是投资者必须承担的基础交易成本。
券商佣金是唯一可协商的费用，监管规定最高不超过成交金额的3‰，市场默认费率多在万分之三左右，买卖双向收取，且设置单笔最低5元收费标准，不足5元按5元计。佣金分为全佣和净佣，全佣包含交易经手费等规费，净佣则需额外叠加规费，投资者开户协商时需明确约定全佣模式，避免额外费用支出。资金量大或交易频繁的投资者，可通过券商客户经理申请更低费率，部分券商可降至万分之二点五甚至万分之二，能有效降低高频交易的累计成本。
北交所针对不同市场主体与产品设有差异化收费及减免政策，针对上市公司，普通股上市年费按总股本分档收取，2000万股及以下2万元，2000万至5000万股3万元，5000万至1亿股4万元，1亿股以上5万元。同时暂免注册地在内蒙古、广西、西藏、宁夏、新疆5个民族自治地区上市公司的上市年费。债券交易方面，暂免收取债券现券（不含可转换公司债券）交易经手费、专用交易单元使用费等相关费用，优惠期延长至2026年12月31日，进一步降低债券市场参与成本。
除交易与上市费用外，北交所对会员单位收取交易单元费，交易单元开设初费为50万元，仅在首次申请开通时收取，后续增设不再收费。对于普通币圈与股票投资者而言，日常交易主要涉及佣金、经手费、印花税、过户费四项，以10万元全佣万分之三的交易为例，买入时佣金30元加过户费1元共31元，卖出时除相同佣金和过户费外，需额外缴纳50元印花税，单笔买卖往返总成本112元，费率结构清晰且可通过优化佣金降低成本。
