北交所普通股票交易的费用，主要由券商佣金、交易经手费、股票过户费和卖出环节的印花税构成。买入时通常不缴印花税，卖出时则会按成交金额单边计收。需要留意的是，北交所交易经手费经常被证券公司并入佣金展示，投资者在交易软件里看到的佣金未必只是券商服务费，实际应以交割单中的费用拆分为准。
目前北交所普通股交易经手费按成交金额的0.125‰双边收取，也就是买入、卖出各计算一次；股份协议转让适用相同的经手费标准，单笔单向最高不超过10万元。股票过户费按成交金额的0.01‰双边收取，由登记结算环节计收。印花税则按照成交金额的0.5‰向卖方单边征收，买入股票时不产生这一项成本。几个费率看起来都不高，但在频繁换手的情况下，费用会随着成交次数不断累积。
佣金是最容易产生差异的一项，也是投资者能够与券商协商的部分。北交所交易规则明确，投资者买卖证券成交后，应当按照约定向会员缴纳佣金；券商公示标准通常设置为不高于成交金额的3‰，具体费率会受到资金规模、交易频率、开户渠道和客户协商情况影响。看费率时要分清净佣和全佣：全佣一般已经包含交易经手费等相关规费，净佣则可能需要在佣金之外另加固定费用，单看一个数字很容易低估真实成本。
以单笔买入10万元、卖出10万元为例，假设券商报价为净佣万三，且没有最低收费限制，买入佣金约30元，交易经手费12.5元，过户费1元，合计约43.5元；卖出时除佣金、经手费和过户费外，还要增加50元印花税，费用约93.5元。两边合计约137元，尚未考虑股价波动、滑点以及可能存在的其他服务费用。若券商提供的是全佣万三，就不能再把经手费重复计算，否则会把交易成本算高。
除了个人投资者的二级市场交易费，北交所面向市场参与主体还设有上市初费、上市年费、交易经手费和交易单元费等项目，这些更多对应上市公司、券商及其他机构，并不会按普通投资者买卖股票的方式直接扣取。企业发行上市阶段，还可能产生保荐承销费、审计验资费、律师费、发行手续费等，金额通常取决于项目规模和服务工作量。对个人交易者来说，最实用的做法是打开交割单，逐项核对佣金、经手费、过户费和印花税，再结合持仓周期判断换手成本，别只盯着宣传中的佣金数字。
